تتلخص رسالة الأكاديمية في العمل على إحياء التراث الروحي للأمة في كافة مجالات العلم والمعرفة والعمارة والفنون والآداب والتربية والفكر والثقافة، وذلك بالجمع في علوم الدين بين علوم الشريعة والحقيقة وربط الفقه والأصول بالطريقة، وفي علوم الدنيا بالعمل على كشف الأبعاد الغيبية، والوقوف على النواميس الكونية للعلوم كافة طبيعة كانت أم إنسانية، فما من حكم في عالم الشهادة إلا ويستند إلى أصل في عالم الغيب، وما من قانون في عالم المادة إلا وهو محكوم بقوانين عالم الروح يدور معها وجوداً وعدماً، وما من ظاهر في عالم الطبيعية إلا وهو انعكاس لحقيقة فيما وراءها، وذلك سائر فى العلوم كافة، وهو ما عبر عنه الإمام زروق -رحمه الله- في قواعده بقوله: "للعامي تصوف، حوته كتب المحاسبى ومن نحا نحوه، و للفقيه تصوف، رامه ابن الحاج في مدخله، وللحديث تصوف، حام حوله ابن العربي في سراجه، وللعابد تصوف، دار عليه الغزالي في منهاجه، وللمتريض تصوف، نبه عليه القشيري في رسالته، وللناسك تصوف، حواه القوت والإحياء، وللحكيم تصوف، أدخله الحاتمي في كتبه، و للمنطقي تصوف، نحا إليه ابن سبعين في تأليفه، وللطبائعي تصوف، جاء به البوني في أسراره، وللأصولي تصوف، قام الشاذلي بتحقيقه، فليعتبر كل بأصله من محله".
"فدراسة الفقه في مناهج الأكاديمية لا تتوقف عند دراسة الأحكام الظاهرة للعبادات أو المعاملات فقط، إنما تتعداها إلى أسرار هذه الأحكام والحقائق الغيبية التى تستند إليها، وذلك على شاكلة الغزالي فى إحيائه، وابن الحاج في مدخله" ... إلخ.
وينسحب الأمر على التفسير كما هو معروف فيما اصطلح عليه "بالتفسير الإشاري" بقواعده وأصوله كالبحر المديد لابن عجيبه أو الآلوسي أو الخازن .. إلخ، وعلوم الحديث كبهجة النفوس لابن أبي جمرة، وكسراج ابن العربي، وعلوم اللغة وآدابها كنحو القلوب للقشيرى وأجروميات ابن عجيبة، والأدب الصوفي على اختلاف مشاربه، وغير ذلك في سائر العلوم، ليست الشرعية فحسب بل العلوم الإنسانية والاجتماعية والطبيعية كافة، إذ لا يوجد شىء في عالم الشهادة إلا وهو ظلال لحقائق في عالم الغيب، لا تعدو علوم الدنيا التي نعرفها إلا تطبيقات لها.
ومن ثَم كان هذا المفهوم البعيد المرامي للعلم والحضارة، هو سر أي إصلاح وتقدم تتطلع إليه الأمة، وبه يستطيع المسلم أن يفهم حقيقته و وظيفته وأن يستعيد اعتباره، وأن يعمل ليستكمل العدة التي يسترد بها ما فقده من حسيّات ومعنويات، هي أثر خلافته على الأرض يوم أن كان ملوك أوروبا وعظماؤها، كالإمبراطور "فردريك الثاني" صاحب الشهرة الكبرى وغيره، يتلقون العلوم إلى جانب عوام المسلمين في جامعات الأندلس، وعنهم نقلوها إلى لغاتهم وأقاموا عليها حضاراتهم، ويوم أن كان السادة في علوم الدنيا، ناهيك عن علوم الدين هم المسلمون، كمحمد بن موسى، وابن يونس المصري في الفلك، والحسن بن الهيثم في الطبيعة، وابن سينا والرازي في الطب، وابن البر وداود في الصيدلية، وابن رشد في الفلسفة والإدريسي في الجغرافيا، والطبري في التاريخ، وابن خلدون في العلوم الاجتماعية، وغيرهم كثير.
ثم إن هذا المفهوم فيه أيضاً خدمة وإصلاح للتصوف الحق وتنقيته من المبتدع والمستنكر والدخيل والمدسوس، ليصبح أداة إيجابية في الحياة الإسلامية، باعتباره ثقافة راسخة، وسلوكاً متأصلاً في حياة الجمهور المسلم في مشارق الدنيا ومغاربها، وهو في ذات الوقت دفاع وصمام أمان وتطهير  للمجتمعات الإسلامية من جماعات التطرف وعصابات الحمقى، وتجار التمذهب والتعصب، وامتهان الدين لأغراض الدنيا وخلط الدين بالسياسة، ومحترفي التكفير والتشريك والتبديع والاتهام بالردة والزندقة، إلى أخر ما هنالك من مهازل أذلت الأمة ومكنت منها أعداءها .