مركز اللغات الأجنبية هو أحد المراكز التابعة للأكاديمية، الذي يستهدف تنمية مهارات اللغات الأجنبية من استماع، وتحدث، وقراءة، وكتابة، ومفردات، وقواعد، وترجمة، مع مراعاة الحفاظ على البعد الصوفي في المحتوى المقدم للدارسين، ويقوم بالتدريس فيه نخبة من الأساتذة المتميزين في هذا المجال، ويمنح المركز الدارسين شهادات معتمدة من الأكاديمية.
مركز الإمام أبو الحسن الشاذلى هو واحد من أهم مراكز الأكاديمية ويعنى أساساً بالعمل على إحياء التراث الصوفي في الأمة ونشره على كافة مستوياتها وبين كل فئاتها وفي مختلف أوجه أنشطتها بكل ما يحمله من علم وحب وأدب رفيع وروحانية وإسلام وتقدم وحضارة، كذلك ترشيد دعوته وكشف أدعيائه بقدر الدفاع عنه ورد الشبهات من حوله وإقامة الحجة على منكريه.